במסלול התעסוקה המוגנת עובדים האנשים עם המוגבלות במסגרות מותאמות בהתאם לרמת תפקודם, ההתאמות כוללות בין היתר: התאמת שעות העבודה, הקושי בעבודה עצמה, תקשורת בין אישית עם העובד, כמו כן, מתבצעת התאמה תרבותית בהתאם לתרבות המגיע ממנה העובד.
קיימים מספר מסגרות מוגנות כפי שנפרט להלן:
מפעל מוגן:
משרד הבריאות מממן את המפעלים המוגנים והגורמים המבצעים הם חברות או עמותות (במכרזים או הסכם אחיד). המשרד מפקח שהנעשה בתחומי המפעל הינו על-פי החוק והנהלים שקבע המשרד (מפעלים אלה פועלים בהתאם לסטנדרטים של משרד הרווחה ומפוקחים על-ידו).
בכל מפעל מוגן מועסקים 30-100 משתקמים אשר מקבלים "דמי שיקום" לפי התפוקות שלהם בפועל. העבודה במפעל מאפשרת מדרג וקידום פנימי.
במפעל יש מנהל שיקומי (שהוא עובד מקצועי בתחום שיקום בבריאות הנפש כגון: עו"ס, פסיכולוג או מרפא בעיסוק) אשר מלווה את המשתקמים מתהליך הקליטה במפעל, בכל שלבי העבודה ומסייע בקידומם.
המפעלים מציעים עבודות ייצור רבות החל מעבודות אריזה וכלא בעבודות אומנות ויצירה ואלקטרוניקה.
